Заказник расположен в лесостепной зоне северо-западной части Кемеровской области – в Юргинском районе. Центр находится на границе заказника в с. Макурино Юргинского района.

Уточненная в 2000 году площадь заказника составляет 28485,5 га. Назначение заказника – комплексная охрана животного мира, в том числе лося, косули, глухаря, тетерева и куропатки. Рельеф заказника – слегка волнистая плоская равнина, в центральной части рассеченная широкой долиной р. Томь, с большим числом пойменных озер. Многочисленные осиново-березовые колки – удобное место обитания косули сибирской, лося. В заказнике запрещена охота на боровую дичь (тетерев, глухарь, серая и белая куропатка).

Значительные участки заказника заняты хвойными лесами, среди которых чаще встречается сосна, реже пихта, ель и кедр. Открытые лесостепные участки (более трети территории заказника) освоены под сельскохозяйственные угодья.

Флора и фауна заказника «Нижне-Томский» неравноценна по концентрации редких видов. Абсолютное большинство редких видов сконцентрировано на ограниченной восточной части заказника, в пойме реки Томь.

Флора заказника включает 662 вида высших сосудистых растений, фауна – 272 вида позвоночных животных. При этом значительная часть птиц, в том числе абсолютное большинство водоплавающих, куликов, чайковых, встречаются только вдоль берега реки Томь на пролете в весеннее и осеннее время.

В Красную книгу Кемеровской области включено 22 вида растений и 22 вида животных, встречающихся на территории Нижне-Томского заказника.

На лугах, в пойме реки Томь, расположены пастбища, что приводит к деградации почвенно-растительного покрова. В связи с этим необходимо прекратить выпас домашних животных в пойме реки Томь.