Когда-то в реке Томь обитали двадцать девять видов рыб. Были среди них и ценные виды рыб: тихоокеанская и сибирская минога, осётр, стерлядь, таймень, ленок, нельма, манерка, сырок, речной сиг, муксун, хариус.
Изменение климата, хозяйственная деятельность человека, привели к значительному обмелению и загрязнению русла реки. Сократились и рыбные запасы реки.
Но в последнее время качество воды в реке значительно улучшилось. В Томь стали возвращаться пелядь, муксун, стерлядь, осётр, стали ловиться таймень и хариус. Кроме этих видов рыб в реке сегодня обитают судак, щука, налим, язь, окунь, ёрш, карась, чебак, елец, гольян, линь сибирский, пескарь, сибирский голец, сибирская щиповка. Берегите ресурсы Томи.